Η πρωτεΐνη παίζει μεγάλο ρόλο στην γαλακτοπαραγωγή του προβάτου και είναι το πιο ακριβό συστατικό της τροφής. Ο ακριβής υπολογισμός των πρωτεϊνικών αναγκών των προβάτων και των μηρυκαστικών γενικότερα, (ανάγκες σε πεπτή πρωτεΐνη, Metabolisable Protein, ΜΡ) είναι δύσκολος αφού από το σύνολο των πρωτεϊνών του σιτηρεσίου ένα μέρος αποδομούνται στη μεγάλη κοιλία (ΜΚ) όπου πραγματοποιείται η σύνθεση των αμινοξέων και της μικροβιακής πρωτεΐνης (MCP). Το υπόλοιπο μέρος των μη αποδομούμενων στη μεγάλη κοιλία πρωτεϊνών, είτε αποδομούνται στο λεπτό έντερο (DUP), όπου και απορροφώνται με τη μορφή αμινοξέων, είτε διέρχονται αδιάσπαστες (UDP) τον πεπτικό σωλήνα και καταλήγουν στα κόπρανα.
Ποσότητα, πεπτικότητα και ποιότητα: Η ποιότητα της πρωτεΐνης καθορίζεται από τα αμινοξέα που περιέχει η τροφή. Βέβαια η σύνθεση των απαραίτητων για το ζώο αμινοξέων, τα οποία δεν περιέχονται στην τροφή, γίνεται από τους μικροοργανισμούς του στομαχιού οι οποίοι χρησιμοποιούν το άζωτο που περιέχεται στην τροφή και το μη πρωτεϊνικό άζωτο. Οπότε στην περίπτωση των προβάτων ψηλής γαλακτοπαραγωγής παίζει ρόλο η ποσότητα, η πεπτικότητα και η ποιότητα της πρωτεΐνης.
Αλλαγές σιτηρεσίου: Οι πηγές του μη πρωτεϊνικού αζώτου δεν χρησιμοποιούνται αποτελεσματικά για τη σύνθεση της πρωτεΐνης μέχρι που οι οργανισμοί του στομάχου προσαρμοστούν στη νέα σύνθεση του σιτηρεσίου και το νέο πρόγραμμα διατροφής. Η προσαρμογή αρχίζει 1-2 μέρες μετά την αλλαγή αλλά μέχρι την πλήρη χρήση του αζώτου περνούν 3-5 εβδομάδες. Γι' αυτό, καλό είναι να αποφεύγονται συχνές και απότομες αλλαγές στο είδος του φυτού που αποτελεί τη χονδροειδή τροφή και ιδιαίτερα κατά τα κρίσιμα στάδια της παραγωγής, όπως την τελευταία περίοδο της εγκυμοσύνης και της γαλακτοπαραγωγής.
Αλλαγές σιτηρεσίου: Οι πηγές του μη πρωτεϊνικού αζώτου δεν χρησιμοποιούνται αποτελεσματικά για τη σύνθεση της πρωτεΐνης μέχρι που οι οργανισμοί του στομάχου προσαρμοστούν στη νέα σύνθεση του σιτηρεσίου και το νέο πρόγραμμα διατροφής. Η προσαρμογή αρχίζει 1-2 μέρες μετά την αλλαγή αλλά μέχρι την πλήρη χρήση του αζώτου περνούν 3-5 εβδομάδες. Γι' αυτό, καλό είναι να αποφεύγονται συχνές και απότομες αλλαγές στο είδος του φυτού που αποτελεί τη χονδροειδή τροφή και ιδιαίτερα κατά τα κρίσιμα στάδια της παραγωγής, όπως την τελευταία περίοδο της εγκυμοσύνης και της γαλακτοπαραγωγής.
Χαμηλά επίπεδα πρωτεΐνης: Όταν το επίπεδο της πρωτεΐνης στην τροφή είναι χαμηλό, η πεπτικότητα των υδατανθράκων στο στομάχι και η λήψη τροφής από τα ζώα μειώνονται. Ανεπαρκής ποσότητα πρωτεΐνης στο σιτηρέσιο επηρεάζει αρνητικά την ανάπτυξη, την γαλακτοπαραγωγή, την αναπαραγωγή και την ανθεκτικότητα στις ασθένειες, γιατί στο έντερο εισέρχεται ανεπαρκής ποσότητα αμινοξέων για να απορροφηθούν από το σώμα. Η περίσσεια πρωτεΐνης δεν δημιουργεί πρόβλημα καθώς οξειδώνεται παράγοντας ενέργεια ή αποβάλλεται από τους νεφρούς. Έλλειψη πρωτεΐνης είναι ιδιαίτερα επιζήμια στα αρνιά και στα πρόβατα ψηλής παραγωγής.
Πηγές Πρωτεΐνης: Η πρωτεΐνη, ως το ακριβότερο μέρος του σιτηρεσίου, είναι παράλογο να περιλαμβάνεται σ' αυτό σε μεγαλύτερη ποσότητα από αυτή που χρειάζεται για να καλύψει τις ανάγκες των ζώων. Το ποσοστό πρωτεΐνης που πρέπει να περιλαμβάνεται στα σιτηρέσια κυμαίνεται από 12% μέχρι 16% και οι μεγαλύτερες ανάγκες χρειάζονται για την ανάπτυξη και τη γαλακτοπαραγωγή. Τροφές πλούσιες σε πρωτεΐνη περιέχουν πάνω από 20% πρωτεΐνη. Είναι ζωικής ή φυτικής προέλευσης. Στα μηρυκαστικά χρησιμοποιούνται οι φυτικής προέλευσης, όπως οι ελαιοπλακούντες που απομένουν μετά την εξαγωγή του λαδιού. Είναι δυνατό να χρησιμοποιηθούν και σπόροι ψυχανθών, όπως ο βίκος, το ρόβι, τα κουκιά, που περιέχουν 22-26% πρωτεΐνη. Ζωοτροφές πλούσιες σε πρωτεΐνη είναι το σογιάλευρο, η ηλιανθόπιτα, η βαμβακόπιτα, με καλύτερη το σογιάλευρο και με ποσοστό πρωτεΐνης 35-47%, ανάλογα με τον βαθμό αποφλοίωσης.